五行学说在政治中的应用是为统治阶级服务的。历代统治者出于巩固其统治的目的，都很重视五行学说。战国时期，邹衍创立阴阳五行学派，把阴阳观念和五行理论相互结合，使其神秘化，借此来说明天道、地道和人道的运动变化规律，形成了具有独特体系的神仙学说。后来在此基础上形成的五德始终之说即为统治阶级维护封建统治找到了所谓天道的神圣理由。
据《吕氏春秋》记载，统治阶级所用刑罚中，如墨、刺、剕、宫、大辟，即是依据五行制定出来的。五行学说在政治上的应用还表现为，统治者为了推行其统治政策，往往以五行术数作为自己的舆论工具。历史上北魏孝文帝南下伐齐即是一个例证。
五行学说以天人感应为理论基础，与灾异建立了极为密切的联系。在古人看来，君王之貌、颜、视、听、思均与五行相连。如果君王在上述五个方面有缺失之处，即表现为五行之间失和，如古人认为，如果君王不敬会伤木，此时往往有灾异发生。
五行学说认为，人体灾祸的出现往往与五行气场失衡之问有着不可分割的关系。如五行之气过盛或过弱，部可能会导致灾祸的发生。所以，过盛的五行之气要释放，而过弱的五行之气则要吸收，只有这样，才能维持无形的相对平衡，以避免灾祸的发生。
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